يواجه باب السلسة خطر كباقي أبواب السور الغربي للمسجد الأقصى المبارك، حيث يخشى من تأثر باب السلسلة بالحفريات والأنفاق الصهيونية تحته، وأبرزها نفق “الحشمونائيم” الذي يمتد على طول السور. كما أنه معرض لخطر الإغلاق من قبل سلطات الاحتلال، مثل أبواب الحديد والقطانين، خاصة وأنه أصبح أقرب باب يصل منه المسلمون إلى الجامع القِبْلي بعد أن أغلق المحتلون باب المغاربة وجعلوه قاصرًا على غير المسلمين، وهو الباب الذي يخرج منه المحتلون بعد جولة الاقتحامات المتكررة.