تقع مكتبة المسجد الأقصى المبارك، بين الجامع القبلي والمتحف الإسلامي، ويُعرف المبنى سابقًا بـ(مسجد النساء)، افتتحت المكتبة سنة 1922 م ، أما القسم الثاني من المكتبة فيقع تحت المسجد القبلي وتسمى المكتبة الختنية , وقد تم انشاء قسم أخر يتعلق بالأطفال وهي مكتبة الأطفال والناشئة، تحتوي المكتبة على 4000 مخطوط، وأكثر من 160 ألف كتاب، في شتى المواضيع.
